Das Sozialwissenschaftliche Institut der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) wurde 1969 in Bochum gegründet. Ziel war es, soziologische und sozialethische Forschung für die Kirche und die Gesellschaft zu betreiben und der Kirche wissenschaftliche Grundlagen für ihr Handeln zu liefern. Das Institut sollte damit "dem Eintreten der Kirche für Gerechtigkeit und Frieden in der Welt" dienen.

Der Soziologe Klaus Lefringhausen (1934-2009) setzte als erster Leiter einen Schwerpunkt auf "Fortschrittsprobleme der Industriegesellschaft". Bundesweite Bedeutung erhielt das Institut in den 1970er Jahren unter der Leitung des Soziologen Horst Zilleßen mit seinen Forschungen und Veröffentlichungen zum Thema Umwelt. So war das Institut 1972 an der Gründung der "Bundesarbeitsgemeinschaft Umweltschutz" beteiligt. Als sich im selben Jahr der "Bundesverband Bürgerinitiativen Umweltschutz" gründete, wurde Zilleßen zu dessen Vorsitzendem gewählt.

1983 übernahm der Sozialethiker Günter Brakelmann nebenamtlich die Leitung. Brakelmann war von 1972 bis zu seiner Emeritierung 1996 Professor für Christliche Gesellschaftslehre an der Ruhr-Universität Bochum. Er gilt als engagierter Vermittler zwischen Kirche und Arbeitswelt. Unter anderem wirkte das Institut intensiv an der Vorbereitung des gemeinsamen Sozialwortes mit, das die EKD und die Bonner katholische Deutsche Bischofskonferenz 1997 veröffentlichten. Darin erteilten die Kirchen neoliberalen Tendenzen eine Absage. Schwerpunkte des Sozialwortes waren die Massenarbeitslosigkeit, die Krise des Sozialstaates und die ökologischen Probleme.

Finanzprobleme führten dazu, dass das Institut 2004 an den Standort der EKD nach Hannover verlegt wurde. Dort schloss es sich mit dem Pastoralsoziologischen Institut der hannoverschen Landeskirche zusammen. Unter der Leitung des Theologen Gerhard Wegner nahm es damit einen neuen Anfang. Zu dieser Zeit prägten die Diskussionen um die damalige Sozialgesetzgebung mit der Einführung von Hartz IV und die sich wandelnde Rolle der Kirche in der Gesellschaft die Forschungsanliegen.

In den Folgejahren mit insgesamt rund 150 wissenschaftlichen Projekten veröffentlichte das Institut unter anderem Studien zur Situation von Langzeitarbeitslosen, zum zivilgesellschaftlichen Engagement für Flüchtlinge oder zur Wahrnehmung der Kirche in und um Hannover sowie im Osten Deutschlands.

Mit einer Tagung in Berlin feierte das Institut am 10. Mai sein 50-Jähriges Bestehen. Am 11. Mai wurrde ebenfalls in Berlin Gerhard Wegner in einem Gottesdienst in den Ruhestand verabschiedet.